简易TCGA下载工具使用教程

简单TCGA下载器是一个能够 免费下载TCGA数据信息的工具软件，它可以免费在线检索能用資源并快速下载。除免费下载以外，还出示临床医学数据信息的简易解决，将xml文件格式的单独临床医学信息内容文件格式转换成引流矩阵文件格式数据信息；另外，对于RNA-seq，methyarray，miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块，并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程，希望可以帮助大家快速，批量下载TCGA数据。

第一步，在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型

第二步，选择需要下载的样本类型，默认选择原发癌和癌旁正常组织，根据需要单击选择所需样本类型，当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型

第三步，单击重新检索按钮检索可下载资源列表

第四步，根据检索的下载资源列表，单击选择所需下载的数据类型

第五步，单击选择，选择数据保存路径，单击确定就可以开始数据的下载任务

第六步，如下载的数据类型是Clinical,则可以通过Clinical解析按钮将临床xml文件转换成Clinical_matrix.txt文件

单击Clinical解析按钮：

Clinical解析生成数据Clinical_matrix.txt展示：

如下载的是数据类型是RNA-seq，methyarray，miRNA，则可以通过合并文件按钮将单个文件合并生成矩阵，对于RNA-seq数据，可以通过ENSG_ID转换按钮将默认是ENSG_ID转换为geneSymbol

合并文件生成数据Merge_matrix.txt展示：

单击ENSG_ID转换按钮:

ENSG_ID转换生成数据Merge_matrix.txt.cv.txt展示：

本文来源于：简易TCGA下载工具使用教程-变化吧门户
特别声明：以上文章内容仅代表作者本人观点，不代表变化吧门户观点或立场。如有关于作品内容、版权或其它问题请于作品发表后的30日内与变化吧联系。