Diamond软件使用教程(一): 基础操作

之前有粉丝在微信群中，询问Diamond的使用方法，其实Crystal Impact Diamond是一款非常强大的分子和晶体结构可视化软件，能够获得非常多的关于结构的图文表述，使得复杂结构趋于简易可视化！

关于Diamond的使用，应该可以认为是一门系列课程，单独的Diomand搭配上一系列的辅助软件及插件等，操作有简易的，也有复杂的，学习的话也建议从基础的开始循序渐进，我们也会不断搜集网上的一些资料，进行整理编辑，希望对大家有一些帮助。

我们有相应的QQ群以及许多微信群，并不会经常讨论一些非常精细的科研问题，但是偶尔也会有大神来了兴致，会帮助提问者解决一些非常尖锐、难懂的科研杂症，提出一些非常独特的见解，如果有兴趣可以加群一起进行交流讨论！

Diamond基础操作

1. 配合物分子结构的绘制

(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。

(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。

(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。

(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。

(5) 配位环境图的绘制。选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。如N2的对称操作为 x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。 

(6) 原子颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Design 和Bond Design选项。

(7)  在画配合物的高维结构图的时候，需要使用补全原子配位模式按钮使配合物骨架不断生长，为避免程序反应过慢，请将屏幕下方的Representation settings中的Rendering前的对钩去掉。

(8) 将(7)中无序的平面图按照一定的排列规则裁剪出来。（使用鼠标左键选择与键盘Delete键配合）其中坐标系与文字说明部分可分别通过双击打开相应对话框进行编辑。

(9) 使用图像旋转移动按钮，将配合物骨架图调整到易于观察的方向。

(10) 选择File 菜单下的save as 保存图片。注意：需要同时通过save structure as 和save graphics as保存diamond和gif两种格式的文件。